康熙很重视亲信密奏的作用,特别是其后期,阶级矛盾和统治阶级内部党派之争交织在一起,情况复杂,各级官吏很少据实上奏。康熙为掌握真实情况,便把密折视为特别耳目,亲自批阅。开始时,密奏权只授予一些亲信大臣,如差遣到各地办事的钦差,可专折密奏所见所闻,典型者如江宁织造李煦等人即是。后因发现派出钦差等人有在外为非作歹者,又给督抚密奏并擒拿歹徒之权。再后来大臣、总督、巡抚、提督、总兵等亦许密奏。
密奏方式确曾收到一定效果,查清一些通过正常渠道难以查清的问题。康熙五十年江南科场案被公开披露后即发生督抚互参事件。江苏巡抚张伯行疏参两江总督噶礼与考官通同作弊,揽卖举人,胁索银两,而噶礼则疏劾张伯行挟嫌诬陷、监毙人命等事,双方互不相让。加之主审案件的钦差张鹏翮等人圆猾世故,或拖延审察,或模棱两可,致使情况愈审愈乱,无法处理。康熙便令苏州织造李煦秘密调查奏报审案实情、江南群众反映及噶礼、张伯行的具体情况等。根据李煦的如实反映,康熙了解到噶礼、张伯行所反映情况均有其事,只不过是双方原有矛盾,借此相互倾轧而已,于是他亲自作出处理:噶礼原来声名就不好,加之有收取贿赂的行为,革职;张伯行素有清官之名,但办事苛求并有一定过错,革职留任。