康熙很重视亲信密奏的作用，特别是其后期，阶级矛盾和统治阶级内部党派之争交织在一起，情况复杂，各级官吏很少据实上奏。康熙为掌握真实情况，便把密折视为特别耳目，亲自批阅。开始时，密奏权只授予一些亲信大臣，如差遣到各地办事的钦差，可专折密奏所见所闻，典型者如江宁织造李煦等人即是。后因发现派出钦差等人有在外为非作歹者，又给督抚密奏并擒拿歹徒之权。再后来大臣、总督、巡抚、提督、总兵等亦许密奏。
密奏方式确曾收到一定效果，查清一些通过正常渠道难以查清的问题。康熙五十年江南科场案被公开披露后即发生督抚互参事件。江苏巡抚张伯行疏参两江总督噶礼与考官通同作弊，揽卖举人，胁索银两，而噶礼则疏劾张伯行挟嫌诬陷、监毙人命等事，双方互不相让。加之主审案件的钦差张鹏翮等人圆猾世故，或拖延审察，或模棱两可，致使情况愈审愈乱，无法处理。康熙便令苏州织造李煦秘密调查奏报审案实情、江南群众反映及噶礼、张伯行的具体情况等。根据李煦的如实反映，康熙了解到噶礼、张伯行所反映情况均有其事，只不过是双方原有矛盾，借此相互倾轧而已，于是他亲自作出处理：噶礼原来声名就不好，加之有收取贿赂的行为，革职；张伯行素有清官之名，但办事苛求并有一定过错，革职留任。