不过，托马斯也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使托马斯与阿利乌的理论产生矛盾。他还认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法又与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们本质相同的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性”。也因此，耶稣基督是统一的、三位一体的，但也可以是多重的。
在托马斯来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的联结。更具体地说，这个目标可以透过“乐福直观”达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。
托马斯指出这个最终的目标也与人在世时的作为有关。个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平以及神圣，他认为这是达成幸福的途径。托马斯以幸福的观念作为他有关道德生活的理论轴心。
托马斯探究的不是事先不能知道结论的问题，相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩，而非哲学。